Cy5荧光染料常用于荧光染料产品的制备，以及增白洗衣粉中的增白剂，指示信号用的各种荧光路标漆，荧光标志服等。
Cy5荧光染料的其他用途包括: 渗漏污水系统包括水和工业的污染物、连接系统、测量发电厂排出的液体、洗手间的渗漏、非法的连接污水管监察，研究流量和绘图，分析腐败的系统，此外还用于纤维织物印染和某些特种标志（如暗处符号）及追踪等。
科研应用
Cy5荧光染料，由于灵敏度高，操作方便，逐渐取代了放射性同位素作为检测标记，其广泛应用于荧光**，荧光探针，细胞染色等。包括特异性的DNA染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。
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